外銷水產品應符合輸銷目的地國家的進口規定，是否需要出口國政府機關簽發的證明文件，或是貨品衛生要求及應隨附佐證文件等，應在接受訂單前先向該國進口商了解清楚，可能的話，在商業契約文件上明訂雙方責任歸屬，避免遭通關受阻或退運時可能蒙受的貿易損失。

本局訂有外銷水產品特約檢驗辦法，服務對象為本局外銷水產品衛生安全管理系統驗證加工廠，受理範圍僅限其登錄產品及原料。另外考慮到歐盟、俄羅斯及巴西等國家只接受本局簽發之衛生證明，爰與農委會漁業署合作，得對檢具該署相關文件證明經確認符合漁船衛生評鑑及輸入國衛生規定之漁船漁獲物簽發外銷衛生證明。